Несмотря на наметившуюся в последние годы положительную тенденцию уменьшения антропогенной нагрузки на отдельные водные объекты, адекватного улучшения качества поверхностных вод не происходит. Основными причинами являются: отсутствие на многих предприятиях необходимых очистных сооружений; сброс неочищенных ливневых стоков с территорий больших городов, промышленных и сельскохозяйственных предприятий; большие объемы накопившихся загрязняющих веществ в донных отложениях, являющихся источниками вторичного загрязнения поверхностных вод. Из года в год число створов с высоким уровнем загрязненности воды (когда среднегодовая концентрация одного или более загрязняющих веществ превышает 10 ПДК) колеблется в пределах 670-700. Антропогенные факторы особенно ощутимо сказываются на экологическом состоянии малых рек: Кольского полуострова, в бассейнах Оби и Енисея, экологическое состояние которых крайне неудовлетворительно; большинство из них характеризуются как «грязные», «очень грязные», отдельные как «экстремально грязные».

В условиях Арктики загрязнение небольших северных рек, испытывающих постоянную нагрузку сточных вод промышленных комплексов и населенных пунктов при низкой способности к самоочищению, приобретает хронический характер, что подтверждается данными режимных наблюдений гидрохимической сети Росгидромета, повторяющимися случаями высокого и экстремально высокого загрязнения, высоким уровнем содержания загрязняющих веществ в воде, накоплением их в донных отложениях.